История школы начинается в далёком 1976 году, когда при профкоме ЛОМО открылась школа при команде мастеров «Зенит».
В 1994 году школа открыта при Комитете по физической культуре и спорту Санкт-Петербурга.
В школе организовано 45 групп, где занимается 708 учащихся, работает 18 тренеров. Большинство тренеров СДЮСШОР «Зенит» – бывшие игроки Ленинградских команд «Зенит» и «Динамо».
Учебно-тренировочные занятия осуществляются на арендованных спортивных сооружениях.