Городской центр юных натуралистов города Уфы был открыт 9 января 1996 г. как муниципальное учреждение дополнительного образования в системе народного образования. Работа велась по трем направлениям: эколого-биологическое, естественно-научное, художественно-эстетическое.
Последнее десятилетие XX века оказалось для Башкортостана и России в целом переломным периодом. Демократизация страны, обеспечивающая права и свободы граждан, вызвала возрастание роли неформального образования, а, следовательно, возросла роль внешкольного дополнительного образования. В связи с этим возникла необходимость повышения статуса городского центра юных натуралистов и расширение направлений его деятельности, поэтому в 2001 году на основании постановления №2889 от 26.11.01г. Городской центр юных натуралистов был переименован в Городской детский эколого-биологический центр.
